FlexS

Descriere

FlexS prezice conformația și orientarea unuia dintre liganzi în raport cu celălalt. În FlexS, ligandul de referință se presupune a fi rigid, prin urmare, ar trebui să fie dat într-o conformație care este similară cu starea legată. Algoritmul de suprapunere din FlexS necesită doar o mică intervenție manuală. Puteți integra aceste cunoștințe în calculele cu FlexS efectuând manual pași individuali. Astfel, FlexS este proiectat pentru lucrul interactiv pe perechi de liganzi, precum și pentru screening virtual bazat pe liganzi. Cele două aplicații principale ale FlexS sunt super-poziționarea ligandului (de exemplu, pentru CoMFA/QSAR) și screening-ul virtual. Dacă aveți o proteină și o moleculă mică care se leagă de ea (așa-numita ligand de referință), dar nicio structură a proteinei, puteți lua structura de referință ca o amprentă negativă a situsului activ. FlexS determină asemănarea dintre test și structura de referință prin alinierea acestora. În screening-ul virtual, aveți un ligand de referință și un set de compuși și sunteți interesat să acordați prioritate compușilor pentru testarea experimentală.