RAPTOR

Descriere

RAPTOR este un software inovator conceput pentru predicția precisă a structurii proteinelor. Acesta combină instrumente avansate de analiză într-o singură soluție software integrată și oferă trei metode de filetare diferite. Abordarea unică de optimizare a programării întregi RAPTOR este cea mai eficientă pentru găsirea șabloanelor de structură ale țintelor cu omologie de secvență redusă și este capabilă să genereze modele de înaltă calitate. Interfața ușor de utilizat și valorile E ușor de înțeles sunt ideale pentru începători și experți. Mai presus de toate, afișarea intuitivă a rezultatului permite utilizatorilor să înțeleagă rezultatele dintr-o simplă privire. Având în vedere o secvență de proteine ​​țintă, dacă există o proteină omologă cu o structură 3D cunoscută, aceasta poate fi găsită folosind instrumente de căutare a secvențelor precum PSI-BLAST, furnizate și în RAPTOR. Structura țintei este apoi construită din structura cunoscută; cu toate acestea, atunci când omologia secvenței nu este semnificativă, adică mai puțin de 25%, PSI-BLAST nu poate avea un succes sigur. Spre deosebire de PSI-BLAST, care face pur și simplu o căutare de secvențe, filetarea proteinelor, recunoașterea pliurilor, folosește atât informațiile despre omologie, cât și despre structură. Acesta scanează secvența de proteine ​​cu o structură necunoscută în raport cu o bază de date cu structuri cunoscute. Prin utilizarea unei funcții de notare și efectuarea analizei de compatibilitate între structurile tridimensionale și secvențele liniare de proteine, va fi identificat cel mai bun șablon structural din care să se construiască structura secvenței. Ca rezultat, filetarea proteinelor oferă o predicție superioară decât modelarea omologică atunci când există omologie de secvență marginală.