ZOOM Lite

Descriere

ZOOM Lite este un software de cartografiere și vizualizare a datelor de secvențiere de nouă generație. Utilizatorii introduc genomuri de referință și Illumina/Solexa citesc fișiere scurte sau spațiul de culoare AB SOLiD citește fișiere în diferite formate, cum ar fi * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta etc. citește pe secvența de referință. ZOOM Lite are un nucleu de cartografiere rapid și precis bazat pe o nouă teorie a semințelor cu spații multiple. Se pot gestiona atât citirile cu capăt unic, cât și cu capăt asociat de diferite lungimi de la 15bp la 240bp. Orice număr de nepotriviri și o inserare/ștergere de diferite lungimi între citire și regiunea țintă a acesteia pe secvența de referință sunt permise. Rezultatele cartografiate în mod unic sau cele mai bune (top N) rezultate pentru fiecare citire vor fi raportate în funcție de nepotrivirile minime și lungimea indel. Scorurile de calitate sunt utilizate pentru a spori precizia cartografierii. Pe baza nucleului de cartografiere, ZOOM Lite permite utilizatorilor să încarce date de citire locale și date de secvență de referință, să selecteze parametrii corespunzători, să proceseze date cu volum ridicat în paralel între până la patru procesoare, să monitorizeze sarcinile care rulează, să stocheze rezultatele cartografierii, să vizualizeze graficele rezultatele mapării și rezultatele mapării de ieșire fie în formate de fișiere * .BED, fie * .GFF pentru supravegherea ulterioară cu informațiile de urmărire a browserului UCSC. Rezultatele mapării pot fi vizualizate în orice scară dorită, de la graficul adâncimii citite pe un întreg cromozom până la alinierea secvenței detaliate între citiri și secvența de referință. Utilizatorii navighează cu ușurință către regiunile de interes pur și simplu prin clic și glisare sau derulare. ZOOM Lite este un derivat al software-ului ZOOM Studio.